年末調整と確定申告の違い ── 経営者はどちらも必要？

年末調整と確定申告は「別の手続き」

まず大前提。年末調整と確定申告は目的が同じでも、手続きが全く異なる。

項目	年末調整	確定申告
誰がやるか	会社（雇用主）	本人（納税者）
対象者	給与所得者（会社員、役員）	自営業者、給与以外の所得がある人等
対象期間	1月〜12月の給与	1月〜12月のすべての所得
期限	翌年1月31日	翌年3月15日
提出先	税務署（会社が提出）	税務署（本人が提出）
精算される税金	所得税	所得税

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年末調整とは

仕組み

会社は毎月の給与から所得税を源泉徴収（天引き）している。しかし、この金額は「概算」。

年末調整は、1年間の正確な税額を計算し、源泉徴収の過不足を精算する手続きだ。

年間の正確な所得税 - 毎月源泉徴収した合計 = 過不足額
→ 多く引きすぎていた場合: 還付（12月の給与で返す）
→ 少なかった場合: 追徴（12月の給与から引く）

年末調整で適用できる控除

控除	内容	最大控除額
基礎控除	全員に適用（所得2,500万円以下）	48万円
配偶者控除	配偶者の所得が48万円以下	38万円（70歳以上は48万円）
配偶者特別控除	配偶者の所得が48〜133万円	最大38万円
扶養控除	16歳以上の扶養親族	38〜63万円
生命保険料控除	生命保険・介護保険・個人年金	最大12万円
地震保険料控除	地震保険料	最大5万円
社会保険料控除	健康保険・年金等	全額
小規模企業共済等掛金控除	iDeCo・小規模企業共済	全額
住宅ローン控除	2年目以降	年末残高の0.7%

年末調整で対応できない控除

以下の控除は、確定申告でしか適用できない：

• 医療費控除
• 寄附金控除（ふるさと納税含む） ※ワンストップ特例を除く
• 雑損控除
• 住宅ローン控除（初年度）

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確定申告とは

仕組み

確定申告は、1年間のすべての所得を自分で申告し、税金を計算・納付する手続き。

確定申告が必要な人

該当条件	具体例
給与収入が2,000万円超	高額な役員報酬を受け取っている
2か所以上から給与をもらっている	複数の会社から報酬がある
給与以外の所得が20万円超	不動産所得、副業、株式譲渡
個人事業主	フリーランス、自営業
不動産を売却した	譲渡所得がある
医療費控除等を受けたい	年末調整で対応できない控除
年末調整をしていない	中途退職して再就職していない場合等

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経営者の立場は「二重」

経営者の特殊な立場を整理する。

法人の「雇用主」としての立場

• 従業員と自分（役員）の年末調整を行う義務がある
• 法定調書（源泉徴収票等）を税務署に提出する
• 翌年1月31日が期限

個人の「納税者」としての立場

• 自分の確定申告が必要な場合がある
• 役員報酬以外の所得がある場合は必須
• 翌年3月15日が期限

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経営者の確定申告が必要なケース

ケース1: 役員報酬が2,000万円超

年間の給与収入が2,000万円を超えると、年末調整の対象外。自分で確定申告を行う必要がある。

ケース2: 複数の会社から報酬を受けている

複数の法人の役員を兼務している場合、主たる給与以外の所得が20万円を超えると確定申告が必要。

ケース3: 不動産所得がある

個人でマンション・アパートを所有し、賃貸収入がある場合。

ケース4: 株式・配当の所得がある

自社株の配当、投資による株式売却益がある場合（特定口座の源泉徴収ありを除く）。

ケース5: 医療費控除・ふるさと納税の控除を受けたい

年末調整では対応できないため、確定申告で申請する。

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年末調整の実務スケジュール

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確定申告の実務スケジュール

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会社としての年末調整の義務

法人の経営者として、以下の義務がある。

1. 源泉徴収義務

従業員・役員の給与から毎月所得税を天引きし、翌月10日までに税務署に納付する。

届出	内容
源泉所得税の納付	毎月10日（特例: 半年に1回）
納期の特例	従業員10人未満の場合、7月10日と1月20日の年2回

2. 法定調書の提出

書類	提出先	期限
給与所得の源泉徴収票	税務署	1月31日
給与支払報告書	市区町村	1月31日
法定調書合計表	税務署	1月31日

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経営者が確定申告で節税できるポイント

1. 医療費控除

年間の医療費が10万円（所得200万円未満は所得の5%）を超えた部分が控除対象。

対象	具体例
対象になる	病院の診療費、処方薬代、入院費、歯科治療費
対象にならない	美容整形、予防接種（一部例外あり）、サプリメント
上限	200万円

2. ふるさと納税（寄附金控除）

自己負担2,000円で、住民税・所得税が控除される。

控除上限の目安（独身・扶養なしの場合）：

年収	控除上限目安
500万円	約6.1万円
700万円	約10.8万円
1,000万円	約17.6万円
1,500万円	約38.9万円
2,000万円	約56.5万円

3. 不動産所得の損益通算

個人所有の不動産で赤字が出た場合、給与所得（役員報酬）と損益通算できる。

4. 株式の損失繰越

上場株式の売却損は、翌年以降3年間繰り越して翌年の利益と相殺できる（確定申告が必要）。

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e-Taxの活用

e-Taxのメリット

メリット	内容
自宅で完結	税務署に行く必要なし
還付が早い	3週間程度（書面は1〜2ヶ月）
24時間受付	深夜でも提出可能
添付書類省略	源泉徴収票等の添付が不要（保管は必要）
青色申告特別控除	e-Taxなら65万円控除（書面は55万円）

e-Taxの利用方法

1. マイナンバーカード方式 – マイナンバーカード + ICカードリーダー（またはスマホ）
2. ID・パスワード方式 – 税務署で発行されたID・パスワードを使用

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確定申告を忘れた場合のペナルティ

ペナルティ	税率	内容
無申告加算税	15〜20%	期限内に申告しなかった場合
延滞税	年2.4%〜8.7%（2026年）	納付が遅れた日数に応じて
重加算税	35〜40%	意図的に申告しなかった場合

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年末調整と確定申告の使い分けチェックリスト

年末調整だけでOKのケース

• 役員報酬が2,000万円以下
• 報酬を受けている法人は1社のみ
• 給与以外の所得が20万円以下
• 医療費控除・ふるさと納税の控除が不要
• 住宅ローン控除は2年目以降

→ すべてに該当する場合のみ、年末調整だけで完結

確定申告が必要なケース

• 上記のいずれか1つでも該当しない
• 経営者は確定申告が必要なケースがほとんど

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よくある質問（FAQ）

Q1. 年末調整と確定申告、両方やる必要がありますか？

両方やるケースが多い。法人として従業員（自分を含む）の年末調整を行い、個人として確定申告を行う。年末調整は会社の義務、確定申告は個人の義務。

Q2. 確定申告の期限に間に合わない場合は？

期限後でも申告は可能。ただし無申告加算税と延滞税がかかる。税理士に依頼すれば、期限内の申告がほぼ確実。

Q3. 確定申告は税理士に任せるべきですか？

経営者は税理士に任せるのが無難。不動産所得や株式の所得がある場合、計算が複雑。申告ミスのリスクを考えると、税理士報酬（5〜15万円程度）は十分に見合う。

Q4. 住民税は別途申告が必要ですか？

確定申告をすれば住民税の申告は不要。確定申告の情報が市区町村に自動で共有される。

Q5. 役員報酬以外の所得が20万円以下なら確定申告は不要？

所得税の確定申告は不要だが、住民税の申告は必要。住民税には「20万円以下なら申告不要」のルールがない。

Q6. ふるさと納税のワンストップ特例を使えば確定申告は不要？

ワンストップ特例は「確定申告をしない人」のための制度。確定申告をする場合はワンストップ特例が無効になるため、確定申告でふるさと納税分も申告する必要がある。

Q7. 法人の決算と個人の確定申告は別のものですか？

全く別物。法人の決算は法人税の申告（事業年度終了後2ヶ月以内）、個人の確定申告は所得税の申告（3月15日まで）。経営者は両方の手続きが必要。

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まとめ

年末調整と確定申告の違いを整理すると：

	年末調整	確定申告
主体	会社	個人
対象	給与所得のみ	すべての所得
経営者の関わり	法人として実施する義務	個人として申告する義務（該当者）

経営者がやるべきことは：

1. 法人として従業員・自分の年末調整を確実に行う
2. 個人として確定申告が必要かどうかを確認する
3. 不明点は税理士に相談して、申告漏れ・控除漏れを防ぐ